Markus Huber wurde 1968 in München geboren. Als Solist des Tölzer Knabenchores arbeitete er schon in früher Jugend mit Musikerpersönlichkeiten wie Herbert von Karajan, James Levine, Wolfgang Sawallisch, Nicolaus Harnoncourt und Dennis Russel Davies. Sein Musikstudium absolvierte er an den Hochschulen in München und Wien, wo u.a. Leopold Hager (Dirigieren) und Karl-Hermann Mrongovius (Klavier) zu seinen Lehrern gehörten.
 

Seine Dirigentenkarriere begann Markus Huber 1996 als Solorepetitor mit Dirigierverpflichtung am Landestheater Detmold. Ein Jahr später wechselte er in gleicher Position sowie als 2.Chordirektor an das Opernhaus Chemnitz und wurde 1999 zusätzlich Chefdirigent des Collegium Instrumentale Chemnitz. Von 2002 bis 2007 war er erster Gastdirigent des Bulgarischen Kammerorchesters, 2003 wurde Markus Huber Chefdirigent des Leipziger Symphonieorchesters. Von 2008 bis 2019 war Markus Huber Generalmusikdirektor des Theaters Pforzheim.
 

Seit 2019 ist Markus Huber Chefdirigent der Thüringen Philharmonie Gotha Eisenach.
 

Daneben ist er ständiger Gastdirigent bei Kaunas Sinfonieorchester und dem Johann-Strauß-Ensemble Linz.

Markus Huber stand am Pult zahlreicher renommierter Orchester, darunter das Philadelphia und San Francisco Symphonie Orchestra, Staatsphilharmonie Rheinland-Pfalz, Nordwestdeutsche Philharmonie, Mannheimer Philharmoniker, Philharmonie Südwestfalen, das ORFSymphonieorchester, Saarländischer Rundfunk, Minneapolis, Florida, Kuala Lumpur, Tokio, Singapur, Hamburger Symphoniker, Staatsorchester Oldenburg, Neue Philharmonie Westfalen, Turku Philharmonic, Münchner Symphoniker, Südwestdeutsche Philharmonie Konstanz, Stuttgarter Philharmoniker, Minnesota Symphonie Orchestra, Cincinatti Symphonie Orchestra, Colorado Symphonie Orchestra, Omaha Symphonie Orchestra, Detroit Symphonie Orchestra, Grand Rapids Symphonie Orchestra, Nashville Symphonie Orchestra, Utah Symphonie Orchestra, Des Moines Symphonie Orchestra u.v.a.
 

Markus Huber widmet sich intensiv dem Werk Richard Wagners. Nach seinem Debut 2013 mit „Tristan und Isolde“ in New Orleans und 2014 mit dem „Ring in Ausschnitten“ (Loriot) mit der Staatsphilharmonie Rheinland-Pfalz, folgte im Juni 2015 der „Lohengrin“ und „Das Rheingold“ in Pforzheim. Mit der Badischen Philharmonie ist 2013 eine CD entstanden mit Werken von Mozart und Reger. Diese hat in der Fachwelt für ein sehr positives Echo gesorgt.
 

Mit der Nordwestdeutschen Philharmonie entstand 2017 die Ersteinspielung des Konzertes „Spices, Perfumes, Toxins!“ für Schlagzeug und Orchester des Komponisten Avner Dorman. Diese wurde in Österreich, Frankreich und Deutschland hochgelobt.

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